Im Jahr 1978 schlossen sich der Markt Ebrach und der Markt Burgwindheim zu einer Verwaltungsgemeinschaft (VGem) zusammen. Hintergrund war die kommunale Gebietsreform von 1971 bis 1978, eine der einschneidendsten Maßnahmen in diesem Bereich. Ziel der Reform war es, leistungsfähigere Verwaltungseinheiten zu schaffen und die Verwaltung effizienter und straffer zu organisieren. Dazu wurde die Zahl der Landkreise, kreisfreien Städte und selbstständigen Gemeinden deutlich reduziert.
Der Sitz der Verwaltungsgemeinschaft wurde in Ebrach festgelegt. Da das bestehende Rathaus den Anforderungen nicht mehr genügte, entschieden sich die Gemeinderäte von Ebrach und Burgwindheim in getrennten Beschlüssen am 1. September 1978 für einen Umbau und eine Erweiterung. Die Baugenehmigung erteilte das Landratsamt Bamberg bereits am 23. August 1978.
Der Bau verlief zügig: Am 31. März 1979 konnten Grundsteinlegung und Richtfest gefeiert werden. Die Arbeiten waren am 1. September 1979 abgeschlossen, und die Einweihung des neuen Verwaltungsgebäudes fand am 19. April 1980 statt.
Der Vorsitzende der Verwaltungsgemeinschaft Ebrach wird von der VG-Versammlung gewählt. Diese setzt sich zusammen aus den Bürgermeistern von Ebrach und Burgwindheim sowie jeweils einem weiteren Mitglied pro 1.000 Einwohner jeder Gemeinde.